Os Conselhos Temáticos são fóruns permanentes de discussão de empresários industriais, instituições de diferentes segmentos da sociedade, especialistas e técnicos do Sistema Indústria.

As reuniões são bimestrais, constando na pauta, a discussão e propostas de políticas e projetos que estimulem o desenvolvimento integrado e em rede,  para as ações e iniciativas de desenvolvimento industrial, junto ao poder público e iniciativa privada.
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Atualmente a FIER possui três Conselhos:

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Meio Ambiente, Recursos Naturais, Energia e Infraestrutura

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Presidente: Maria Luiza Vieira Campos

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Empresários:

• João da Silva – SINDIREPA

• Aldemar Carvalho – SINDIPAN

• Wanderkley Bittar – SINDIPAN

• Ivan Jadson Colares - SINDIJOIAS

Convidados:

• Luiz Felipe Gonçalves – Secretaria Municipal de Gestão Ambiental e Assuntos Indígenas

• Elizabeth Mitie Fukuda

• Francisco Joaci de Freitas Luz – EMBRAPA

• Francisco Doan Rabelo – PUBLICOLOR

• Ricardo Bulhões de Mattos - FECOMERCIO

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Representantes do Sistema Indústria - RR